Descartes y Tomás de Aquino son dos autores claramente enfrentados. En cuanto a la epistemología (teoría del conocimiento), podemos decir que el filósofo escolástico es un autor empirista, puesto que reconoce el papel de los sentidos. Como ya había afirmado Aristóteles antes que él, todo conocimiento comienza con la experiancia sensible, nada hay en nuestro entendimiento que no haya pasado antes por la experiencia. Sin embargo Descartes, al igual que Platón, infravalora el papel de los sentidos, éstos son engañosos y no aportan conocimiento alguno. Ambos son filósofos racionalistas. La razón es la única facultad humana que puede aportar conocimiento, es infalible y autónoma. El conocimiento que tenemos de la realidad no depende de los sentidos o experiencia, sino de las ideas innatas que ya están en nuestra mente desde el mismo momento en que nacemos.
A nivel ontológico, ambos autores reconocen en Dios a la sustancia infinita, sumamente perfecta y la causa de todo cuanto existe. Sin embargo difieren con respecto a la forma de acceder a él y de demostrar su existencia. Mientras que las pruebas o demostraciones de Tomás de Aquino son a posteriori (dependen de la experiencia sensible), las de Descartes son a priori, son argumento puramente racionales y no recurren en ningún momento a la aportación de los sentidos. El punto de partida en las vías (demostraciones tomistas) está en lo que los sentidos nos muestran del mundo para concluir en la existencia necesaria de un ser supremo, Dios. Por ejemplo, en la primera de las vías el punto de partida es el movimiento que existe en el mundo y que los sentidos nos muestra. Todo lo que se mueve es movido por otro y, a su vez ese otro por un otro, pero ante la imposibilidad de una serie indefinida hemos de concluir en la existencia de un ser que mueve y que a su vez no es movido por nada, es decir, un motor inmóvil o Dios. Por el contrario, Las demostraciones cartesianas parten de la idea de un ser sumamente perfecto (parten de esa idea que está presente en nuestra mente, no de la información que los sentidos aportan del mundo). Esta idea no procede de los sentidos, ya que no tenemos ninguna experiencia sensible de Dios. Se trata de una idea innata o a priori introducida en nuestra mente por Dios. Por este motivo decimos que las argumentaciones de Descartes son a priori.